根据《烟草专卖许可证管理办法》第八条规定，公民、法人或者其他组织从事烟草专卖品的生产、批发、零售、进出口等业务的，应当依法向烟草专卖局申请领取烟草专卖许可证。

  根据《烟草专卖许可证管理办法》第十六条规定，连锁经营企业在申请烟草专卖零售许可证时，应当由各个分店分别向所在地烟草专卖局提出申请。

  根据《烟草专卖许可证管理办法实施细则（试行）》第四十条规定，烟草专卖零售许可证的持证人，应当在许可证核定的经营地址从事烟草制品零售业务。持证人未在许可证核定的经营地址从事烟草制品零售业务的，发证机关可以按照《烟草专卖许可证管理办法》第四十四条规定处理。持证人在许可证核定的经营地址之外从事烟草制品零售业务的，属于无证经营。

  因此，无论是总公司还是分公司，都必须办理并取得烟草专卖零售许可证后才能开始卷烟业务，不能用一张烟草专卖零售许可证同时经营两家或两家以上门店。同时，即使该分公司已经办理了烟草专卖零售许可证，也不允许与总公司一起进货。